財政部表示，保稅貨物進倉後，保稅倉庫業者應將已簽章的運送單簽收聯回傳起運地點，而保稅貨物出倉後，保稅倉庫業者接獲點收回傳的運送單簽收聯時，應辦理核銷備查。參照新修保稅倉庫設立及管理辦法第２７條第１項規定，外貨或國產保稅貨物進倉，保稅倉庫應簽收貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單），並將已簽章的運送單簽收聯回傳起運地點。

新修保稅倉庫設立及管理辦法第２７條第３項則是規定，保稅貨物出倉出口或運往保稅區，保稅倉庫接獲回傳的運送單簽收聯時，應辦理核銷備查。財政部同時表示，保稅貨物出倉後，保稅倉庫業者如未接獲回傳的運送單簽收聯時，應聯繫追蹤確認運抵時間，並註記於存查聯，但是貨物進出倉在貨櫃（物）動態資料庫有資料可供查詢或海關派員押運貨物已足以確認抵達目的地，就可以不用這樣辦理，這些也規定在新修保稅倉庫設立及管理辦法第２７條第４項及第５項。

保稅倉庫設立及管理辦法第５條已經在一百零一年四月二十五日修正發布，所以也配合修正同辦法第９條第２項的援引情形。另為配合同辦法第２７條規定的修正，新修該辦法第５７條第３款也調整條文規定，保稅倉庫業者未依同辦法第２７條規定辦理，海關可依關稅法第８８條規定，予以警告並限期改正或處罰鍰。參照同法第５８條第４項規定，保稅倉庫業者應向所在地海關申請登記及繳納保證金。