碳費制度是以減量為核心，環境部本次增訂《碳費收費辦法》第３條之１及《自主減量計畫管理辦法》第１１條之１，目的在於使首次納管事業能有合理作業與財務規劃時間，來提出自主減量計畫申請，也明定首次符合碳費徵收對象條件的事業，其申報繳納義務自應辦理前一年度溫室氣體盤查登錄及查驗作業年度的次年起適用。環境部強調，此一修正並非免除事業的繳費責任，而是提供合理緩衝期，使其能完成盤查查驗、財務規劃及自主減量計畫申請後，再依規定申報繳納碳費。

本次也修正《碳費收費辦法》第９條，環境部表示，先期專案減量額度是溫室氣體減量及管理法施行前，事業依原《行政院環境保護署溫室氣體先期專案暨抵換專案推動原則》取得的歷史減量額度，性質上屬制度轉換前的既有額度。現行碳費收費辦法已明定，先期專案減量額度僅得於碳費開徵後前三年內申請扣除收費排放量使用，且扣除上限不得超過事業收費排放量的百分之十。本次是參考產業公會對於舊制額度銜接建議，修正《碳費收費辦法》第９條，使高碳洩漏風險事業得使用先期專案額度，但限縮其使用於扣除碳費的比率為０．１，以確保不影響碳費制度促進實質減量的政策方向。同時，為避免重複優惠，本次也修正《自主減量計畫管理辦法》第１７條，明定受政府機關補助的減量措施，其效益原則上不得列入自主減量計畫執行期滿後超過指定目標的減量效益核定。