立法院指出，由於稅捐案件具有高度專業性，導致法院往往以稅捐稽徵機關的立場為依歸，喪失行政訴訟保障納稅人權利的意義。未來將設置稅務專業法庭；同時，稅務專業法庭的法官除了需要專業證明書，每年也應持續接受專業訓練。此外，並設立專責協助納稅人協調稅捐爭議、提供必要諮詢的納稅者權利保護官。

依所得稅法第８３條之１規定，稽徵機關或財政部指定的調查人員進行調查時，如發現納稅義務人有重大逃漏稅嫌疑，得視案情需要，報經核准，就納稅義務人資產淨值、資金流程及不合營業常規的營業資料進行調查。而稽徵機關就資料調查結果，證明納稅義務人有逃漏稅情事時，納稅義務人對有利於己的事實，應負舉證責任。

立法院最後表示，新法制定後，稽徵機關若未事先向財政部報准就進行調查等違法取證，原則上不得作為對納稅人課稅或是處罰依據。往後納稅人更可以藉由納稅者權利保護官的協助，在課稅前更了解自己所擁有的權益，在爭議發生後，能更了解如何爭取應有權利，達成迅速解決紛爭及節省司法成本效果。