考量農民從事農產品加工，多屬小規模，取得食品工廠登記困難，生產的農產加工品無法追蹤及追溯，影響通路上架販售。新修農產品生產及驗證管理法第１８條新增農民以國產溯源農產品、驗證農產品、有機農產品、有機轉型期農產品或其他經指定之農產品為原料，於一定規模以下且合法之農產品加工設施，進行特定品項之加工者，可以申請登記為農產品初級加工場。

基於因應產業變化及農產品驗證制度之轉型，新修農產品生產及驗證管理法第４條明定由中央主管機關視產業發展需要，公告適當之驗證制度、適用之國內特定農產品類別、品項及其驗證基準，以保留彈性，並刪除有關自願性優良農產品驗證、產銷履歷驗證等規範。

此外，新修農產品生產及驗證管理法第１６條建立農產品溯源登錄制度，原則上由業者自願配合登錄溯源資訊，但必要時得由中央主管機關公告指定特定品項農產品或一定規模之農產品經營者應依規定登錄溯源資訊，藉此為食安把關。另未經許可就擅自經營認證業務，可處新臺幣六十萬元以上六千萬元以下罰鍰。如果未經驗證合格，卻使用驗證農產品標章，則處二十萬元以上二百萬元以下罰鍰。