按關稅法第８６條規定，貨棧或貨櫃集散站業者違反「海關管理貨櫃集散站辦法」、「轉運及轉口貨物通關管理辦法」中有關轉運、轉口貨物或貨櫃之存放、移動、通關或管理之規定，或違反「海關管理進出口貨棧辦法」中有關變更登記、證照之申請、換發、貨櫃及貨物之存放、移動、通關或管理之規定者，由海關予以警告或處六千元以上三百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正。

貨棧或貨櫃集散站業者違反前述辦法之違規行為態樣，按海關依關稅法第八十六條規定裁罰原則第２條、第３條第１項規定，審酌其應受責罰程度，按違章行為性質區分三類型，分別訂定相對應之裁罰基準於附表；而各類型裁罰基準，按同裁罰原則第３條第２項規定，依業者於最近一年內之違規次數，裁處警告或累進之罰鍰；裁處罰鍰時，並應依所定加權事實，如包含故意或過失之主觀要件及短少貨物是否為管制物品之加權事實，乘以加權倍數作為最終罰鍰額度。

倘違規狀態持續有改正必要時，按海關依關稅法第八十六條規定裁罰原則第３條第４項前段規定，應命限期改正。又為期能確保海關裁罰一致性及可預測性，同裁罰原則第４條、第５條第１項、第３項及第６條，對裁罰原則發布生效前及生效後違規案件之適用原則、違規次數之採計方式、違規案件不適用附表之情形及行為後附表有變更時之適用原則等均予明訂。