農業部表示，配合農業部改制後的組織設置，新修條文第３條及第７條修正機關名稱。為明確積欠保費期間的應計保費，新修條文第１４條第１項第１款明定強制申請者積欠保費期間的應計保費。
農業部指出，依農民職業災害保險試辦辦法第３１條第２項規定準用農民健康保險條例施行細則第３６條規定，請領傷病給付時所檢具的診斷書，應由醫療機構出具。實務遇申請人檢具的診斷書是由國術館、整復所、接骨所等非正規醫療院所出具的文件，因不符請領規定，無法核給給付，為減少爭議，新修條文第１８條第２項，敘明申請傷病給付應檢具的職業傷病的診斷書應由醫院、診所或領有執業執照的醫師出具。
農業部進一步指出，新修條文第１７條第１項關於傷病給付水準的部分，參照勞工職業災害保險及保護法第４２條第２項規定，將給付水準調整為前二個月按被保險人發生保險事故的當月月投保金額發給，第三個月起按被保險人發生保險事故的當月月投保金額百分之七十發給，給付期間仍維持二年。