行政院表示，考量未成年人亦可能由其法定代理人或監護人以外人照顧，就未成年人飼養動物的情形，草案第５條增列其實際照顧的人為飼主，又為避免飼主棄養未絕育的特定寵物，草案第２５條之３增訂飼主送交動物至動物收容處所應符合一定條件，明確飼主棄養責任的構成要件，提高棄養動物的罰則最高可處十萬元以上一百萬元以下罰鍰。就無從辨識身分或經通知原飼主而未領回者的收容動物及認養規定，草案第１４條修正動物收容處所通知飼主領回或開放民眾認養的程序及要件。並於草案第１９條之１授權中央主管機關訂定寵物分類分級管理事項的辦法。草案第２２條及第２６條修正飼主應提出繁殖管理計畫向直轄市、縣（市）主管機關申請並經許可後，所飼養的特定寵物始得於許可期限內免絕育，並明定有繁殖需求應按次提出申請，及違反前揭規定的相應處罰。

行政院指出，為強化繁殖、買賣特定寵物的流向管理規定，草案第２２條之２、第２８條及第３０條定明特定寵物繁殖或買賣業者的特定寵物應具合法來源，杜絕非特定寵物業者，擅自使用特定寵物業的許可證字號，誤導消費者進行未經許可擅自經營特定寵物繁殖、買賣或寄養業務等行為。草案第２３條規定，直轄市、縣（市）主管機關為阻止對於動物危害的發生，或避免急迫危險，認有即時處置必要時，得採取的措施。

行政院進一步指出，為加強保護動物，並遏止虐殺動物案件發生，草案第２５條提高宰殺、故意傷害動物或使動物遭受傷害，致其肢體嚴重殘缺或重要器官功能喪失的刑度為六月以上五年以下有期徒刑，併科三十萬元以上三百萬元以下罰金。第２５條之１規定，若是使用藥物、槍械、暴力或施以其他凌虐方式犯前開之罪者，加重其刑至二分之一。並於第３２條及第３３條修正主管機關得沒入飼主動物的情形。